1. Grupul de cercetare „Teologia ortodoxă în societatea contemporană” : Abordarea sistematică a principalelor domenii de dialog/confruntare între teologia ortodoxă, patristică şi contemporană, şi problemele majore ale societăţii actuale. Au fost identificate patru teme generice, care vor fi elaborate şi detaliate în principal cadrul cercetării de grup, dar şi al unor programe didactice (workshop, şcoală de vară), în vederea creşterii competenţei specialiştilor teologi de aborda teme într-o manieră inter- şi trans-disciplinară. Grupul va avea un laborator de traduceri din literatura patristică (lb. greacă veche), pentru a valorifica sursele mai puţin cunoscute ale Tradiţiei.
2. Grupul de cercetare „Istorie, cultură şi patrimoniu bisericesc” : Începând cu anul 2002 o echipă de specialişti ai Facultăţii de Teologie „Andrei Şaguna“ din Sibiu a început să recenzeze, să înregistreze, să arhiveze, să analizeze şi să valorifice într-un mod cât mai sistematic diversele aspecte ale cântării în parohiile Arhiepiscopiei Sibiului. Rezultatele cercetărilor s-au concretizat într-o serie de studii (12) şi cărţi (5) publicate, ca şi prin alcătuirea unei arhive multimedia – cuprizând cca. 99 CD-uri cu peste 3000 cântări înregistrate, 100 secvenţe video, 300 fotografii digitale etc. Această activitate de cercetare va fi continuată în anii următori.